המשרד האחראי לביצוע מדיניותו של ראש הממשלה ולתיאום בין משרדי הממשלה השונים. מאחר ומוסדות בטחוניים רגישים שייכים למשרד זה ("המוסד", השב"כ, הוועדה לאנרגיה אטומית ועוד), במקרים רבים, כאשר עובד מדווח שהוא עובד במשרד ראש הממשלה מסיקים כי הוא מועסק באחד מהמוסדות האלה.