ההתנגדות לכיבוש נמצאת כמובן בצד הפלשתיני, אך נפוצה גם בצד הישראלי בעיקר בחוגי השמאל ובדרך כלל מזוהה עם השאיפה לשלום. טענת המתנגדים היא שנוסף למכשולים שהכיבוש מערים בדרך לשלום, הרי הכיבוש גם משחית מבחינה מוסרית, וגורם לנזקים בטווח הארוך בהתנהלותו של העם.