רבות מן ההתנחלויות הוקמו באופן לא חוקי תוך ואל אף התנגדות המדינה. קיימים מקרים בהם השטחים עליהם הוקמו היו שטחים השייכים לתושבים פלסטינים, במקרים אלה, עתרו התושבים המקוריים לבית המשפט שבמקרים רבים פסק לטובתם. חלק קטן ממאחזים אלה פונו דוגמת גבעת האולפנה ומגרון.