תהליך ההתנחלויות לווה באופן מתמיד בהתנגשויות עם כוחות הבטחון. אם בזמן הקמת התנחלויות או מאחזים שאינם חוקיים כאשר כוחות הביטחון ניסו למנוע מעשה זה, ואם בהתנגדויות לפינוי או הריסת של מאחזים והתנחלויות. באחרונה מכוונים גם אירועי "תג מחיר" נגד כוחות הביטחון, ובהם מחבלים ברכוש צבאי ומגיעים לעימותים אלימים עם כוחות הביטחון.