הפרשה החלה ב-1990 ובה נחשד אריה דרעי בקבלת שוחד מישיבה במטרה לקדם את ענייניה. כן הואשם דרעי כי בעת כהונתו כמנכ"ל משרד הפנים ואחר כשר הפנים העביר כספים ממשרד הפנים למוסדות המזוהים עם תנועת ש"ס. המשפט בהאשמות אלה נמשך לאורך 5 שנים (1994-1999) ובסיומו הורשע אריה דרעי ונגזר עליו דין מאסר. גזר הדין עורר גל מחאות בקרב חסידיו שטענו כי דרעי הורשע בגלל היותו ספרדי והיותו איש מפלגת ש"ס.