חפירות ארכיאולוגיות היו מאז ומתמיד "סדין אדום" בעיני החרדים, מאחר ובדרך כלל, בחפירות אלו נמצאו קברים שנטען שהם של יהודים. נגד החפירות בוצעו הפגנות רבות כמו בחפירות בהר הבית. על הארכיאולוגים הוטלו חרמותוקללות. ידוע במיוחד המקרה בו הופיעו פשקווילים של שמחה על מותו של הארכיאולוג יגאל שילה.