למרות שהתמיכה בהתנחלויות גדולה בעיקר בקרב הציבור הדתי לאומי, קיימת גם התנגדות למפעל ובפרט בקרב הציבור החרדי. לא מדובר רק על נטורי קרתא המתנגדים בכלל למדינה הציונית, אלא גם לגורמים מתונים יותר. הרב פנחס מנחם אלתר יו"ר מרכז אגודת ישראל התנגד להקמת העיר החרדית עמנואל. הרב שך והרב עובדיה יוסף צידדו בהחזרת הגולן תמורת שלום. ורבנים רבים טוענים שעם ישראל ותורתו חשובים יותר משטחי ארץ ישראל.